Au commencement était l'Éden-Théâtre, lieu mythique, édifice colossal bâti rue Boudreau au début des années 1880 selon une esthétique naïve de temple hindou, un bazar des mille et une nuits tout à la fois féerique et exotique, « prodige d'originalité, de magnificence et de confortable » selon les termes d'un chroniqueur de l'époque. Lieu fabuleux, impossible théâtre, l'Éden ne dure pas. Une série de métamorphoses et de réaménagements conduisent peu à peu au démantèlement de ce que l'on a surnommé « le gouffre de la rue Boudreau ». Plusieurs fois fermé, transformé, rebaptisé un temps Grand-Théâtre, l'Éden finit par disparaître.

Un autre théâtre pourtant prolonge la généalogie du lieu. À sa manière, en plus petit, en plus intime. L’actuel Athénée, dont la salle est aménagée en 1893 dans l'un des foyers de l'Éden, s'ouvre au public, la même année, sous le nom de Comédie Parisienne.

L'inauguration définitive du lieu sous le nom d'Athénée a lieu en 1896. Année qui figure sur le fronton du théâtre. C'est également en 1896 que s'est produite la dernière grande transformation du bâtiment : le report de la façade de la rue Boudreau sur le square de l'Opéra, qui devient en quelque sorte le premier vestibule du théâtre. Dans l'idée, sans doute, de renforcer par ce nouvel accès retranché de l'agitation urbaine des rues environnantes, l'intimité du lieu théâtral. Environ un siècle après l'aménagement de l'Athénée sur l'emplacement d'un paradis perdu, subsistent encore quelques traces au-dessus de la coupole de la salle : un plafond décoré de motifs indiens, rouges, noirs et bruns, derniers vestiges incongrus et émouvants de l'Éden-Théâtre.

Aux richesses architecturales de l'Athénée s'ajoute un inestimable patrimoine artistique : la figure de Louis Jouvet qui dirigea ce théâtre de 1934 à 1951, date de sa mort, a profondément marqué un lieu qui lui rend hommage en portant son nom. Ce grand acteur populaire, chéri du cinéma, était avant tout un homme de théâtre.

De cet art, avant de devenir le metteur en scène et le comédien que l'on sait, Louis Jouvet aura exploré tous les recoins : machiniste, costumier, accessoiriste, peintre et éclairagiste. Rien d'étonnant de la part de celui qui se plaisait à dire que « l'humble connaissance de la pratique est le chemin le plus sûr pour aller à la vérité ». La leçon d'exigence d'une personnalité sans concession, qui aura su défendre tant la création contemporaine (Giraudoux) que la redécouverte des classiques (Molière, Corneille.), et dont l'ombre habite toujours la salle à l'italienne qu'il aima entre toutes. Le rapport intime qu'offre ce type de salle entre la scène et les spectateurs aura influencé sa manière de faire du théâtre. Il créa notamment L'Ecole des femmes avec la complicité de l'artiste plasticien Christian Bérard qui inventa le décor des « murs ouvrants » permettant de représenter à la fois les murs de la maison d'Agnès et le jardin et la place publique où se déroule une bonne partie de l'action.

Dans les années qui suivent la disparition de Louis Jouvet, d'autres grandes personnalités ont investi, l'espace d'un ou plusieurs spectacles, le plateau de l'Athénée : Peter Brook, Jean Vilar, Claude Régy, Matthias Langhoff, et des acteurs comme Pierre Brasseur, Maria Casarès et Jeanne Moreau.

La direction novatrice et éclectique de Pierre Bergé, entre 1977 et 1981, voit l'ouverture, sous les combles de l'Athénée, d'une petite salle baptisée du nom de Christian Bérard et consacrée principalement au théâtre d'essai. Avec les Lundis Musicaux, il donne à entendre les plus belles voix lyriques de notre temps. Plus de 250 soirées prestigieuses pour des récitals de : Ruggero Raimondi, Felicity Lott, Barbara Hendricks, José Van Dam, Jessye Norman, Kiri Te Kanawa, Montserrat Caballe… Côté théâtre il reçoit Antoine Vitez, Jean Marais, Pierre Dux, Delphine Seyrig, Sami Frey.

En 1982, Pierre Bergé alors directeur de l’Athénée théâtre privé en offre la tutelle au Ministère de la culture et de la communication. Josyane Horville en prend alors la direction. Elle fait de l'Athénée un lieu d'accueil pour les compagnies ne disposant pas de lieu fixe : « le rendez-vous des compagnies subventionnées », tel est le slogan. Place aux jeunes metteurs en scène de l'époque : Alain Françon, Christian Rist, Brigitte Jaques, Maria de Medeiros, Philippe Clévenot. Un foisonnement théâtral dont on retiendra, entre autres, le fameux Elvire-Jouvet 40.

Patrice Martinet réhabilite le Théâtre : aussi bien le bâtiment que son répertoire. L'Athénée s'affirme comme un théâtre public à l'italienne avec le XXe siècle pour répertoire, regardant son patrimoine avec l'esprit moderne et contemporain d'un laboratoire artistique : l'Athénée redevient un théâtre moderne.

La Saison Jouvet, en 2001-2002, commémore les 50 ans du décès de Louis Jouvet en confiant à nouveau, à des metteurs en scène d’aujourd’hui, les spectacles proposés par celui qui a donné son nom à ce lieu. Cette programmation est l'occasion de rappeler combien la modernité est arrivée par Jouvet (c'est le cas, entre autres exemples fameux, pour Les Bonnes de Jean Genet en 1947). Le chemin parcouru depuis le théâtre de Corneille se poursuit avec de grands acteurs, metteurs en scène (Jean-Luc Lagarce, Giorgio Strehler, Toni Servillo, Bob Wilson, Philippe Caubère, Guillaume Gallienne, Fabrice Luchini, Benjamin Lazar, Lucie Berelowitsch...) et un rapport moderne au texte, notamment vers Beckett et la musique.

La première grande campagne de travaux à l'occasion du centenaire du Théâtre en 1996 est l'occasion de découvrir la fosse d'orchestre, qui va devenir une petite fosse d'opéra avec le développement d'une programmation de théâtre musical. Les Lundis musicaux sont également ressuscités et des résidences d'artistes (Le Balcon, Les Brigands, Les Frivolités parisiennes...) se déploient.

Les Journées du Patrimoine humain en 2007 sont l'occasion d'inviter toutes celles et ceux qui ont contribué aux 25 ans du théâtre public et de rappeler l'esprit Jouvet à travers le service unique que ce théâtre rend aux artistes en scène. La seconde grande campagne de travaux, en 2015/2016, est l’occasion d’agrandir la fosse d’orchestre, afin d’entériner le nouveau visage, du lieu et du projet.